Des séquences nucléotidiques virales aux métazoaires de plancton marin de l’expédition Tara Oceans

© Tristan Biard, Station biologique de Roscoff (CNRS/UPMC)

Tara Oceans

Adriana Alberti, Julie Poulain, Stefan Engelen, Karine Labadie, Sarah Romac, Isabel Ferrera, Guillaume Albini, Jean-Marc Aury, Caroline Belser, Alexis Bertrand, Corinne Cruaud, Corinne Da Silva, Carole Dossat, Frédérick Gavory, Shahinaz Gas, Julie Guy, Maud Haquelle, E’krame Jacoby, Olivier Jaillon, Arnaud Lemainque, Eric Pelletier, Gaëlle Samson, Mark Wessner, Genoscope Technical Team, Silvia G. Acinas, Marta Royo-Llonch, Francisco M. Cornejo-Castillo, Ramiro Logares, Beatriz Fernández-Gómez, Chris Bowler, Guy Cochrane, Clara Amid, Petra Ten Hoopen, Colomban De Vargas, Nigel Grimsley, Elodie Desgranges, Stefanie Kandels-Lewis, Hiroyuki Ogata, Nicole Poulton, Michael E. Sieracki, Ramunas Stepanauskas, Matthew B. Sullivan, Jennifer R. Brum, Melissa B. Duhaime, Bonnie T. Poulos, Bonnie L. Hurwitz, Tara Oceans Consortium Coordinators, Stéphane Pesant, Eric Karsenti & Patrick Wincker.

Publié en ligne le 1er Août 2017Téléchargement en PDF

Nature, Scientific Data 4, Article numéro 170093 (2017)

Résumé

Durant l’expédition Tara Oceans (2009-2013), dont l’objectif était d’étudier les organismes planctoniques, en allant des virus aux métazoaires, une collection unique d’échantillons océaniques a été recueillie. Elle a permis d’établir une riche base de données sur la biodiversité du plancton marin.

Grâce aux avancées récentes dans le domaine de la génomique, un vaste processus de séquençage a été réalisé pour une analyse génomique approfondie de cette immense collection. Une stratégie basée sur différentes approches, telles que le métabarcoding, la métagénomique, la génomique monocellulaire et la métatranscriptomique, a été choisie pour l’analyse des communautés de plancton.

Cette étude détaille, de l’extraction de l’ADN à la production des séquences, les procédures permettant de générer les données génomiques. Elle décrit également les registres de l’ensemble des données génomiques disponibles à l’Archive Européenne de Nucléotide (European Nucleotide Archive, ENA).

La description des procédures expérimentales appliquées pour générer les métadonnées permettra à la communauté scientifique d’accéder à ces données et de faciliter leurs analyses.

Ce document complète d’autres études dont l’objectif est de fournir une description complète des expériences et des ressources « open source » générées par le projet Tara Oceans, en prouvant augmentant ainsi leur valeur dans l’étude des écosystèmes planctoniques du monde.

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