Étude génomique des picoalgues vertes Bathycoccus dans l'océan mondial | Tara, un voilier pour la planète

Étude génomique des picoalgues vertes Bathycoccus dans l’océan mondial

© Daniel Bailey / Fondation Tara Expéditions

Tara Oceans

Thomas Vannier, Jade Leconte, Yoann Seeleuthner, Samuel Mondy, Eric Pelletier, Jean-Marc Aury, Colomban de Vargas, Michael Sieracki, Daniele Iudicone, Daniel Vaulot, Patrick Wincker etOlivier Jaillon

Publié en ligne : le 30 Novembre 2016
doi:10.1038/srep37900
Scientific Reports 6, numéro de l’article : 37900 (2016)

Résumé

Bathycoccus est une micro-algue verte cosmopolite appartenant à la famille des Mamiellophyceae, une catégorie de picophytoplancton comprenant d’importants contributeurs à la production primaire océanique. Une seule espèce de Bathycoccus a été décrite bien que l’existence de deux écotypes ait été proposée sur la base des données métagénomiques. Un génome est disponible pour une souche correspondant au phénotype décrit. Nous présentons un second assemblage génomique correspondant au deuxième écotype, obtenu par le biais d’une approche génomique unicellulaire. Bien qu’ils possèdent une séquence identique du gène d’ARNr 18S (y compris dans la région V9), les deux génomes de Bathycoccus divergent suffisamment pour être différentiés sans ambiguïté possible dans l’ensemble des données d’ADN métagénomique. L’analyse des 122 échantillons d’ADN métagénomique de l’océan mondial prélevés lors de l’expédition Tara Oceans révèle que les populations de Bathycoccus précédemment identifiées par métabarcodes V9 de l’ARNr 18S sont uniquement composées de ces deux génomes. L’algue verte Bathycoccus est relativement abondante et largement répandue dans les eaux riches en nutriments. Les deux génomes cohabitent rarement et occupent des niches océaniques distinctes, en particulier en ce qui concerne la profondeur. Les données métatranscriptomiques démontrent le gain ou la perte de gènes fortement exprimés dans certains échantillons, suggérant que le répertoire génétique est modulé par les conditions environnementales.

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