Interview Eric Karsenti

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18 décembre 2009

Interview d’Eric Karsenti. Dernière semaine en Méditerranée.

Le co-directeur de Tara Oceans était sur Tara cette semaine entre Beyrouth (Liban) et Port Saïd (Egypte)

Nous arrivons à la fin de la campagne Méditerranéenne de Tara. Comment se passe cette dernière semaine ?

D’abord on fait un peu le bilan de ce qui s’est passé jusqu’à présent, et puis on espère pouvoir faire un peu d’échantillonnage pour boucler la campagne mais on a un problème de météo et j’espère qu’on va y arriver. On a beaucoup travaillé sur les protocoles qui ont été réorganisés, repensés, restructurés ainsi que sur l’organisation à bord, la façon dont les gens travaillent ensemble sur l’échantillonnage. Un des problèmes qu’on a eu c’est que les équipiers tournaient beaucoup et il a fallu trouver un moyen pour que chaque scientifique qui arrive puisse travailler sans avoir vu ce qui se passe à bord. Comme c’est un peu compliqué, on a donc écrit des protocoles très détaillés et on s’est arrangés pour que le chef scientifique de chaque étape reçoive l’ensemble des instructions pour coordonner le travail. Maintenant ça marche bien et je suis assez content ; on est prêts !

Il y a pas mal de jeunes à bord cette semaine. Tu as déjà travaillé avec eux ?

J‘ai déjà travaillé avec Margaux Carmichael (de la Station de Roscoff) et Marc Picheral (de la Station de Villefranche sur mer) mais pas avec les autres et c’est un des aspects intéressants de Tara : on doit apprendre à travailler avec des gens qu’on ne connaît pas. Les chercheurs viennent de laboratoires différents comme la Station Biologique de Roscoff, le CNRS ou le Laboratoire d’Océanologie de Villefranche-sur-Mer.

Quel bilan peut-on dresser de cette première étape de Tara Oceans (la Méditerranée)?

On peut faire un bilan de la réussite ou de la non-réussite de la campagne, mais on ne peut pas faire pour l’instant un bilan de résultat. Ce qu’on cherche à comprendre c’est la structure des écosystèmes, depuis les virus jusqu’aux bactéries en passant par les poissons et les algues unicellulaires, et faire la corrélation avec l’environnement  physique. Pour faire ça il faut du temps. On a tous les échantillons qui commencent à être traités à terre et on attend de pouvoir évaluer leur qualité. Il faut aussi voir à quel point chaque étape a été complète par rapport à ce qu’on voulait obtenir.
Je pense que c’est assez réussi car ce qu’on fait en ce moment c’est vraiment nouveau, en particulier sur un bateau de la taille de Tara. Jusqu’à Nice c’était quelque peu chaotique ; on était en train d’apprendre à faire. Ca a commencé à s’améliorer entre Nice et Naples, et depuis Malte je pense que ça tourne vraiment très bien.
Il y a aussi une équipe de physiciens qui est venue pour faire un projet spécifique au sud de Chypre avec les gliders et ça a très bien marché. Maintenant on arrive à une situation où ça tourne vraiment. Tara fonctionne bien et je suis très content car notre but c’était d’arriver prêts à la fin de la Méditerranée. Tant mieux parce que à partir de la Mer Rouge ça peut devenir très compliqué. Pour que ça soit encore plus fluide on a organisé une réunion début janvier à Charm-El-Cheik avec les chefs scientifiques qui vont venir en Mer Rouge et dans l’Océan Indien.

En quoi la Méditerranée est-elle une mer particulière et quelles ont ses spécificités ?


C’est une mer fermée, qui a une salinité très élevée. Elle est souvent très oligotrophique, c’est à dire qu’il y a beaucoup de régions assez pauvres en organismes, un peu comme certaines grandes régions dans le Pacifique ou l’Atlantique qui ont assez peu d’organismes. Il y a aussi des problèmes de pollution locale et un gradient de biodiversité qui doit être très différent entre le nord et le sud ; c’est une des raisons pour lesquelles on a fait des zig-zags nord-sud en la sillonnant complètement. Mais je ne connais pas les résultats ; on verra quand on aura analysé les données ce qu’on trouve. Ce sera certainement très intéressant.

Le temps de post-traitement des données recueillies va être assez long, quand va t-on avoir les résultats ?

Ca va dépendre un peu des données. En ce qui concerne la physique on les a déjà ; c’est presque immédiat. Ces données sont envoyées à des organisations à terre qui les valident et sont ensuite mises en ligne.
Beaucoup des données physico-chimiques sont déjà traitées. Pour la chimie c’est un peu plus long.
Pour ce qui est de l’imagerie, en tout cas pour les plus grosses espèces comme le plancton, Gaby Gorski a déjà commencé à faire une analyse avec son Zooscan et d’ici le printemps on aura des résultats publiables.
On aura également des résultats rapidement avec la Flowcam à bord qui a été mise en service à partir de Naples par Mike Scieracki, qui donne des informations quantitatives sur la distribution des petits micro-organismes.
Avec le Flowcam et le Zooscan on couvre quantitativement la distribution en espèces depuis 20 microns jusqu’à quelques millimètres, ou même centimètres.
Pour ce qui est de la biologie moléculaire, ils sont en train de faire des essais de séquençage en ce moment. On travaille pour cet aspect avec le Génoscope et la Station Biologique de Roscoff. Il y a des méthodes d’identification des espèces assez rapides qui sont mises en œuvre par Colomban De Vargas et là aussi on aura des résultats bientôt. Ca ne veut pas dire que les résultats seront publiés au printemps mais on aura déjà une idée de ce que l’on a fait pendant cette période là.
Ce qui va être intéressant aussi c’est de voir combien de stations sont complètes, avec toutes les données depuis les virus jusqu’aux larves de poissons en passant par la physique et la chimie. Il faut qu’on déchiffre. Toutes les informations sont stockées sur une base de données à l’EMBL qu’on peut aller interroger et on va vite savoir quelles stations sont les plus intéressantes à étudier. Dés qu’on le pourra on mettra en ligne des données simples accessibles au grand public.

Tu es aussi marin, et tu as ton bateau. As-tu déjà navigué en Méditerranée ?

Ah oui. Il y a une quinzaine d’années avec des amis on partageait un bateau. On a navigué depuis la Bretagne jusqu’à la Grèce pendant dix ans alors je connais bien ; et là j’ai ramené mon bateau, qui était en Bretagne, jusqu’en Méditerranée. Ce que j’aime beaucoup ici c’est tout l’aspect historique et il y a des régions qui sont restées assez sauvages même s’il n’y en a plus beaucoup.

Propos recueillis par David Sauveur