L’Ocean Gene Atlas : démocratiser l’accès aux données Tara

© Yann Chavance / Tara Expeditions Foundation

Ocean Gene Atlas ou OGA, c’est le nom donné au nouveau site web qui permet une exploration des données nombreuses et complexes produites à la suite de l’expédition Tara Oceans. Une équipe de l’Institut Méditerranéen d’Océanologie (MIO) rattachée au consortium scientifique et conduite par Emilie Villar et Pascal Hingamp a construit cet outil pour permettre aux scientifiques qui le souhaitent d’aller interroger l’énorme base de données génétiques, environnementales et taxonomiques de Tara Oceans.

Un précieux jeu de données

Les données issues de l’échantillonnage à l’échelle globale du plancton océanique par la goélette sont publiques et gratuites. Mais en pratique, l’expertise nécessaire en programmation informatique pour les explorer constituait une barrière pour de nombreux scientifiques. C’est pour pallier ce constat que l’équipe du MIO a créé OGA, qui rassemble toutes les données complexes et les rend lisibles pour n’importe quel chercheur s’intéressant au fonctionnement et à l’évolution du plancton marin. Cette initiative était nécessaire afin que le potentiel des données de Tara Oceans soit pleinement exploité et que de nombreuses nouvelles connaissances en découlent.
 
Échantillon de plancton après filtration à travers un filtre de 10 microns dans le laboratoire humide de Tara
Des échantillons de plancton après filtration – © Sarah Fretwell / Fondation Tara Expéditions

 

Une biogéographie des gènes du plancton marin

En un simple clic, et quelques secondes de patience, un océanographe pourra connaître la répartition mondiale ainsi que l’abondance d’un gène d’intérêt, tout cela en lien avec les conditions environnementales (température, concentration en oxygène, pH, salinité etc.). Il pourra également savoir quels types d’organismes portent ce gène dans l’océan global. Cette analyse rapide et détaillée peut permettre de valider des hypothèses sur la fonction d’un gène ou encore de le révéler là où on ne l’attendait pas, par exemple dans le génome d’autres organismes. Tout cela donne de précieuses informations sur l’évolution et les capacités d’adaptation du plancton marin, dont dépendent le reste de la chaîne alimentaire marine et les équilibres climatiques.

Nouvelles données et fonctionnalités à venir

Actuellement, les données déposées sur OGA sont en majorité celles issues de l’expédition Tara Oceans : plus de 150 millions de gènes, sans compter les données environnementales et taxonomiques. Le catalogue de OGA est amené à s’étoffer progressivement, au rythme des campagnes océanographiques. Les données issues des échantillons de Tara Oceans Polar Circle y seront par exemple bientôt ajoutées. Certaines fonctionnalités du site vont également être améliorée, notamment l’analyse taxonomique qui va être affinée.

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