Un atlas des gènes eucaryotes dans l’océan mondial

© Christian Sardet

TARA OCEANS

Quentin Carradec, Eric Pelletier, Corinne Da Silva, Adriana Alberti, Yoann Seeleuthner, Romain Blanc-Mathieu, Gipsi Lima-Mendez, Fabio Rocha, Leila Tirichine, Karine Labadie, Amos Kirilovsky, Alexis Bertrand1, Stefan Engelen, Mohammed-Amin Madoui, Raphaël Méheust, Julie Poulain, Sarah Romac, Daniel J. Richter, Genki Yoshikawa, Céline Dimier, Stefanie Kandels-Lewis, Marc Picheral, Sarah Searson.

Tara Oceans Coordinators : Olivier Jaillon, Jean-Marc Aury, Eric Karsenti, Matthew B. Sullivan, Shinichi Sunagawa, Peer Bork, Fabrice Not, Pascal Hingamp19, Jeroen Raes, Lionel Guidi, Hiroyuki Ogata, Colomban de Vargas, Daniele Iudicone, Chris Bowler, Patrick Wincker, Silvia G. Acinas, Emmanuel Boss, Michael Follows, Gabriel Gorsky, Nigel Grimsley, Lee Karp-Boss, Uros Krzic, Stephane Pesant, Emmanuel G. Reynaud, Christian Sardet, Mike Sieracki, Sabrina Speich,Lars Stemmann, Didier Velayoudon and Jean Weissenbach.

 

Publication en ligne : 25 janvier 2018  –  Télécharger le PDF

Nature Communications  –  DOI: 10.1038/s41467-017-02342-1

 

Abstract
Alors que nos connaissances concernant le rôle des microbes et des virus dans l’océan ont fortement progressé grâce aux récentes avancées en génomique et en métagénomique, la recherche sur les eucaryotes microbiens marins et le zooplancton ont bien moins bénéficié de ces nouvelles technologies, en raison de leurs plus grands génomes, de leur très grande diversité et de leurs physiologies largement inexplorées. Ici, nous utilisons une approche métatranscriptomique pour identifier les gènes exprimés à travers 4 fractions granulométriques d’organismes, dans les stations de pleine mer de Tara Oceans. La séquence individuelle est interprétée en groupes de 116 millions d’unigènes, ce qui représente la plus grande collection de référence de transcriptions d’eucaryotes issues d’un seul biome. Le catalogue est utilisé pour révéler les fonctions exprimées par le plancton eucaryote marin et évaluer sa biogéographie fonctionnelle. Près de la moitié des séquences ne présentent aucune similarité avec les protéines connues, et un grand nombre appartient à de nouvelles familles de gènes, avec une distribution restreinte dans l’océan. Dans l’ensemble, cette ressource jette les bases de l’exploration des rôles des eucaryotes marins dans l’écologie et la biogéochimie océaniques.

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