La génomique unicellulaire de multiples straménopiles non cultivés révèle une diversité fonctionnelle sous-estimée dans les océans

© Fondation Tara Expéditions

Tara Oceans

Yoann Seeleuthner, Samuel Mondy, Vincent Lombard, Quentin Carradec, Eric Pelletier, Marc Wessner, Jade Leconte, Jean-François Mangot, Julie Poulain, Karine Labadie, Ramiro Logares, Shinichi Sunagawa, Véronique de Berardinis, Marcel Salanoubat, Céline Dimier, Stefanie Kandels-Lewis, Marc Picheral, Sarah Searson.

Tara Oceans: Stephane Pesant, Nicole Poulton, Ramunas Stepanauskas, Peer Bork, Chris Bowler, Pascal Hingamp, Silvia G. Acinas, Emmanuel Boss, Michael Follows, Gabriel Gorsky, Nigel Grimsley, Lee Karp-Boss, Uros Krzic, Fabrice Not, Hiroyuki Ogata, Jeroen Raes, Emmanuel G. Reynaud, Christian Sardet, Sabrina Speich, Lars Stemmann, Didier Velayoudon, Jean Weissenbach, Matthew B. Sullivan, Daniele Iudicone, Ramon Massana, Jean-Marc Aury, Bernard Henrissat, Eric Karsenti, Olivier Jaillon, Mike Sieracki, Colomban de Vargas and Patrick Wincker.

 

Publication en ligne : 25 janvier 2018 –  Télécharger le PDF

Nature Communications  –  DOI: 10.1038/s41467-017-02235-3 OPEN

 

Abstract:
Les eucaryotes unicellulaires (protistes) sont des acteurs cruciaux dans les cycles biogéochimiques globaux des nutriments et de l’énergie dans les océans. Alors que leurs rôles de producteurs primaires et de brouteurs sont bien connus, d’autres aspects de leur cycle de vie demeurent obscurs, en raison des difficultés de mise en culture et de séquençage de leur diversité naturelle. Ici, nous exploitons les données de génomique et de métagénomique unicellulaires de l’expédition mondiale Tara Oceans pour analyser le contenu génomique et la distribution océanique apparente de 7 lignées largement répandues de straménopiles hétérotrophes non cultivés. D’après les données disponibles, chaque génome ou génotype séquencé semble avoir une distribution océanique spécifique, principalement corrélée avec la température de l’eau et la profondeur. Le contenu génomique fournit des hypothèses de spécialisation en termes de motilité cellulaire, de spectres de nourriture et de stade trophique, y compris concernant les incidences possibles sur les habitudes de transfert horizontal de gènes depuis les procaryotes. Nos résultats soutiennent l’hypothèse selon laquelle les principaux protistes hétérotrophes marins remplissent diverses fonctions dans l’écologie océanique.

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